1. Hüdrokeemia
1. 1. Üldaluselisus
Hüdrokeemilised parameetrid on suurtes piirides kõikuvad. Eesti järved on mageda veega, vaid rannajärvedes ja hiljuti eraldunud merelahtedes on soolsus pisut kõrgem. Enamik järvedest on hüdrokeemilise klassifikatsiooni kohaselt kaltsiumvesinikkarbonaatsed (Simm, 1975). Üldaluselisus (HCO3-) on suurtes piirides kõikuv, ulatudes 0-400 mg*l-1 (alkalitroofsetes järvedes isegi 1000 mg*l-1), olles enamasti põhjakihtides suurem. Sagedusjaotus joonisel on nihutatud paremale. Eesti järvedele on iseloomulik suhteliselt kõrge keskmine üldaluselisus.
1.2. Orgaanilise aine sisaldus
Orgaanilise aine (keemiline hapnikutarve) hulk ja koostis on tugevalt varieeruvad. Kõige kõrgemad väärtused pärinevad tugevalt reostunud veekogudest. Nii näiteks oli Pappjärve orgaanilise aine koguhulk dikromaatse oksüdeeritavuse põhjal 1989. a. 189 mgO*l-1, Rummu järves 1985. a. 138 mgO*l-1. Mõlemasse eelpool nimetatud järve on inimtegevuse mõjul sattunud suures koguses orgaanilist ainet. Looduslik orgaaniliste ainete hulk on tunduvalt väiksem. Soo- ja rabajärvedele iseloomulikud suurusjärgud on 100-200 mgO*l-1 ja vähem. Enamasti prevaleerivad seal humiinained. Heledaveeliste järvede orgaanilise aine hulk on üldjuhul veelgi väiksem ning dikromaatne oksüdeeritavus üle 35 mgO*l-1 loetakse juba kõrgeks. Nagu näha jooniselt, on keskmine väärtus Eesti järvedes kõrge. Oluline on rõhutada suurt Eesti järvede eripära - paljud järved on tumeda veega, kuid samas karedaveelised.
1.3. pH
Järvevee pH on vahemikus 3,5-10. Vahelduvaks pH vahemikuks on 6,5-8,5, st., enamasti on tegemist nõrgalt aluselise veega. Keskmine väärtus on 7.5, kuid on suured erinevused pinna- ja põhjavee väärtuste vahel. Üldiselt on pH väärtused kõrged tänu hüdrokarbonaatsetele vetele. Suhteliselt suur hulk on pehme, pruuni veega järvi ja nendes on pH looduslikult isegi <3.
2. Biogeenid
2.1. Üldlämmastik ja -fosfor
Biogeenide, eriti lämmastiku hulgad on kõrged, kuid vegetatsiooniperioodi jooksul tugevasti muutuvad. Üldlämmastikust moodustavad suurema osa nitraadid ja ammooniumlämmastik. N:P suhe on vahemikus 100:1 kuni 12:1 (Milius & Starast, 1996), seega enamasti üle 16 ning fütoplanktoni ja suurtaimede arengut limiteerib fosfor. Põhja-Eesti põhjavesi on eriti lämmastikurikas, mis samuti mõjutab veekogude biogeenide koormust ja N:P suhet. Üldlämmastiku Eesti keskmine väärtus on kõigi andmete keskmisena hüpertroofsel (liigtoitelisel) tasemel. Fosforisidaldus on eutroofsel (rohketoitelisel) tasemel. P sagedusjaotus on paremale nihutatud (lognormaalne), nagu lämmastikulgi. P sisaldus kihistunud järvede veesambas on erakordselt erinev.
3. Teised ioonid
Rabajärvedes ja mineraalmaal paiknevates pehme veega pruunides järvedes on esmasel kohal sulfaatioon. Sulfaatide ja kloriidide hulk on kõrge ka halotroofsetes ja tugevalt reostunud järvedes. Katioonidest on esikohal kaltsium, mille sisaldus jääb 0,5-100 mg*l-1 piiresse (halotroofsetes järvedes kuni 150 mg*l-1). Samades piirides kõigub ka Mg hulk. Kaaliumi ja naatriumi jaotumist on uuritud vähesel määral. Kaaliumi sisaldus jääb enamasti vahemikku 0,5-6 mg*l-1. Naatriumi üldhulk on suurem - 0,5-18 mg*l-1.